Anàlisi eQTL específic de còlon per informar sobre SNP funcionals
L’anàlisi eQTL és un enfocament per estudiar els SNP funcionals identificats en GWAS. L’eina web que proporcionem a https://www.colonomics.org/eQTL-browser permet un fàcil anàlisi de l’expressió i el eQTL específic pel teixit del còlon i ajudarà els investigadors de l’àrea a identificar què SNP mereix una investigació funcional addicional. L’eina calcula la correlació de Pearson o Spearman i permet seleccionar el tipus de teixit per a l’anàlisi. Les dades i les parcel·les es poden exportar.
S’ha realitzat una anàlisi detallada d’eQTL específic per teixit de còlon en una sèrie de 97 tumors de còlon, la seva mucosa normal adjacent i 47 mostres de mucosa de còlon donades per individus sans.
Les anàlisis de cis-eQTL (SNP en proximitat al gen) han revelat 29,073 associacions de gens de SNP amb valors de P ajustats per permutació <0,01. Aquests corresponen a 363 gens únics. L’anàlisi de trans-eQTL (SNP distant al gen) ha identificat 10,665 associacions significatives de gens SNP, la majoria d’elles en el mateix cromosoma, més d’1 Mb del gen.
No Comment