El análisis eQTL es un enfoque para estudiar los SNP funcionales identificados en GWAS. La herramienta web que proporcionamos en https://www.colonomics.org/eQTL-browser permite un fácil análisis de la expresión y el eQTL específico para el tejido del colon y ayudará a los investigadores del área a identificar qué SNP merece una investigación funcional adicional. La herramienta calcula la correlación de Pearson o Spearman y permite seleccionar el tipo de tejido para el análisis. Los datos y las parcelas se pueden exportar.

 

 

Se ha realizado un análisis detallado de eQTL específico para tejido de colon en una serie de 97 tumores de colon, su mucosa normal adyacente y 47 muestras de mucosa de colon donadas por individuos sanos.

Los análisis de cis-eQTL (SNP en proximidad al gen) han revelado 29,073 asociaciones de genes de SNP con valores de P ajustados por permutación <0,01. Estos corresponden a 363 genes únicos. El análisis de trans-eQTL (SNP distante al gen) ha identificado 10,665 asociaciones significativas de genes SNP, la mayoría de ellas en el mismo cromosoma, más de 1 Mb del gen.

 

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ 30283144

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