Análisis eQTL específico de colon para informar sobre SNP funcionales
El análisis eQTL es un enfoque para estudiar los SNP funcionales identificados en GWAS. La herramienta web que proporcionamos en https://www.colonomics.org/eQTL-browser permite un fácil análisis de la expresión y el eQTL específico para el tejido del colon y ayudará a los investigadores del área a identificar qué SNP merece una investigación funcional adicional. La herramienta calcula la correlación de Pearson o Spearman y permite seleccionar el tipo de tejido para el análisis. Los datos y las parcelas se pueden exportar.
Se ha realizado un análisis detallado de eQTL específico para tejido de colon en una serie de 97 tumores de colon, su mucosa normal adyacente y 47 muestras de mucosa de colon donadas por individuos sanos.
Los análisis de cis-eQTL (SNP en proximidad al gen) han revelado 29,073 asociaciones de genes de SNP con valores de P ajustados por permutación <0,01. Estos corresponden a 363 genes únicos. El análisis de trans-eQTL (SNP distante al gen) ha identificado 10,665 asociaciones significativas de genes SNP, la mayoría de ellas en el mismo cromosoma, más de 1 Mb del gen.
No Comment